A jógára utaló első jelek az ókori Indiába vezetnek. 1920-21-ben angol és amerikai régészek vezetésével bukkantak a mai Nyugat-Pakisztán Pandzsab tartományában egy ókori civilizáció nyomaira. Az azóta Indus-Szaraszvati civilizációnak elnevezett kultúra északról a Himalája, délről a tenger által védett Indiai félszigeten, az Indus és az azóta kiszáradt Szaraszvati folyók mentén jött létre kb. i.e. 4500 évvel, és két legjelentősebb városa Harappa és Mohendzsondaro volt. Ezt a területet akkoriban az Ausztrália és Indonézia területéről származó, negroid típusú dravidák és mundák lakták. A mintegy 2000 évig virágzó civilizáció lehetett az első jóga elveken alapuló társadalom. A nem ártás (ahimsza) elve szerint élhettek, hiszen sem fegyver, sem várfal, sem háború nyomaira nem bukkantak az ásatások során. Megélhetésük forrása alapvetően a mezőgazdaság volt, de kereskedtek is a szűkebb, s tágabb környezetükkel, hajóztak. Technikai fejlettségük elérte az ókori Rómáét. Csatornázott, egységes alaprajzú városokban, 2-3 emeletes, fürdővel, WC-vel ellátott téglaházakban éltek.

A hanyatlás i.e. 2500 körül kezdődött techtonikai változások miatt (kiszáradt a Szarasvati), amikor is szervezett, 5-800 évig is tartó evakuálás történt a Gangesz mentére. Körülbelül ezzel egy időben a Himalája észak-nyugati hágóin át betörtek az indoeurópai eredetű árják, akik leigázták, és részben dél felé űzték az őslakosságot. Számos államot alapítottak, és a két nép keveredése és műveltségének egybeolvadása során alakult ki a jóga mai elméleti és gyakorlati formája. A magas, fehér bőrű árják ugyanis magukkal hozták az élő szövegként őrzött, és csak évszázadokkal később lejegyzett szent szövegeket a védákat, melyek a jóga szellemi alapjait jelentették.

Erre a korra (i.e.2500-1500) esik a védikus szövegen alapuló, ősi indiai vallás, a brahmanizmus (hinduizmus) elterjedése, mely egy politeista, vallási türelemtől átitatott, a kasztrendszerrel szorosan összefüggő vallás, melynek része a lélekvándorlásban való hit is. Rendkívül sok védamagyarázat (upanishad) született az i.e.1500-1000-ig terjedő időszakban, az indiai írás azonban csak az i.e.. VIII-VII. században alakult ki. Ezután jegyezték le a nagy eposzokat, ekkor született meg Gautama Sziddhártha a buddhizmus megalapítója, és ebből a korból erednek a jógáról szóló nagy, összefoglaló művek is. A Jóga szutrák (vezérfonál), a Bhagavad Ghita, a Számkya kárika és a Hatha jóga pradipiká szimbolikus nyelven megírt szövegei inkább a jóga szellemi oldalát domborították ki, és egyértelművé tették, hogy a jóga csak mestertől sajátítható el. I.sz. 500-tól, a már aszkézisbe hajló jógára válaszként terjedt el, és mintegy 800 évig élte virágkorát a tantra, ami az élet intenzív megtapasztalását hirdette, és szélsőséges irányzatoktól sem volt mentes.